Starpuzņēmumu grāmatvedība ir procedūru kopums, ko mātes uzņēmums izmanto, lai novērstu darījumus, kas notiek starp tā meitasuzņēmumiem. Piemēram, ja viens meitasuzņēmums ir pārdevis preces citam meitasuzņēmumam, tas no mātesuzņēmuma viedokļa nav derīgs pārdošanas darījums, jo darījums notika iekšēji. Līdz ar to pārdošana no grāmatvedības ir jāsvītro brīdī, kad tiek gatavoti mātesuzņēmuma konsolidētie finanšu pārskati, lai tas neparādītos finanšu pārskatos.
Starpuzņēmumu darījumus var atzīmēt organizācijas grāmatvedības sistēmā to sagatavošanas brīdī, lai tos varētu automātiski dublēt, sagatavojot konsolidētos finanšu pārskatus. Ja programmatūrā nav atzīmēšanas funkcijas, tad darījumi ir jāidentificē manuāli, un tajā ir liela kļūdu pakāpe. Pēdējais gadījums ir visizplatītākais mazākā organizācijā, kas izmantojusi mazāk bagātīgu grāmatvedības sistēmu, un tagad atklāj, ka tai nav nepieciešamo darījumu atzīmēšanas funkciju, kas vajadzīga meitasuzņēmumu uzskaitei.
Starpuzņēmumu grāmatvedība var būt viens no galvenajiem trūkumiem mātesuzņēmuma grāmatu slēgšanas procesā, un tāpēc tam jāpievērš vadības uzmanība, lai atrastu veidus, kā racionalizēt procesu.