Sākotnējā emisijas atlaide ir starpība starp obligācijas nominālvērtību un cenu, par kuru emitents to sākotnēji pārdevis ieguldītājam. Kad obligācija galu galā tiek atpirkta tās dzēšanas dienā, ieguldītājam tiek izmaksāta šī atlaide, kas ieguldītājam nozīmē peļņu. Grāmatvedības vajadzībām atlaidi emitents uzskata par procentu izdevumiem un ieguldītāja procentu ienākumiem, un par tādiem to atzīst grāmatvedības uzskaitē.
Piemēram, investors no emitenta iegādājas obligāciju par 900 USD. Obligācijas nominālvērtība ir 1000 USD. Emitents ir gatavs pieņemt zemāku cenu, jo noteiktā obligācijas procentu likme pašlaik ir zemāka par tirgus procentu likmi, un, pieņemot zemāku cenu, pircējam tiek paaugstināta faktiskā procentu likme. Kad emitents izpērk obligāciju, tas ieguldītājam maksā pilno obligācijas nominālvērtību USD 1000 apmērā.
Sākotnējās emisijas atlaides summa var būt īpaši liela, ja emitents pārdod nulles procentu obligācijas. Šajā gadījumā atlaides summa ir vienīgā ienākuma forma ieguldītājam, kurš tāpēc solīs ievērojami zemāku summu nekā nominālvērtība, pirms piekrīt pirkt obligācijas. Investoram tas ne vienmēr nozīmē darījumu; kopējais ienesīgums jāsalīdzina ar citu obligāciju ienesīgumu, iekļaujot saistīto saistību nepildīšanas risku, lai redzētu, vai atlaide ir labs darījums.
Sākotnējās emisijas atlaides summu ieguldītājs paziņo kā daļu no ar nodokli apliekamā ienākuma, jo tā tiek uzkrāta pamatā esošās obligācijas atlikušajā darbības laikā neatkarīgi no tā, vai šajā laikā no emitenta ir saņemti maksājumi. Turklāt ieguldītājs var maksāt nodokļus par faktiski saņemtajiem procentu ienākumiem un par jebkuru pamatā esošās obligācijas tirgus cenas pieaugumu.
